洁净室需要控管的项目包括温度、湿度、静压差、风速、微粒、浮游菌、沉降菌， 当然在设计之初还有噪音、光照度、 安全、节能等方面的考虑。对于使用者来说使用过程中学会日常监测非常重要， 这是保证教学科研工作的前提之一， 也有利于在出现异常数据时排查原因。

温度、湿度、静压差、风速是预测试指标， 只有这些指标都在规定范围内， 后续3个主测试指标的监测才有意义。温湿度要求使用者可以自己把握， 如无特殊要求时， 温度在18～26℃， 相对湿度在45%～65%为宜。洁净室与非洁净室之间的静压差应>10 Pa;相邻不同洁净级别的洁净室之间的压差应>0.5 Pa;洁净区与室外压差应>12 Pa。单向流净室实测室内平均风速应大于设计风速， 但不应超过15%。以上测试可以通过温湿度仪、微压计、风速仪来完成。

悬浮粒子测试可以通过微粒计数仪来完成。监测时首先用面积开根号的方法确定最少采样点数目， 学校生物实验室都比较小， 一般每间3～4个点就够了， 采样时需注意采样点在室内均匀分布并尽量避开回风口， 采样管口应正对气流方向， 高度约离地80 cm， 测试人员应在采样口的下风侧， 并尽量减少活动。为保证仪器下次能正常使用， 采样完毕一定启动仪器的自净程序。

浮游菌、沉降菌的采样方法及注意事项同悬浮粒子， 分别通过浮游菌采样仪及带有微生物培养基的平皿来完成。培养皿在用于检测时， 为避免培养皿运输或搬运过程造成的影响， 宜同时进行阴性对照试验， 每次或每个区域取1个对照皿， 与采样皿同法操作但不需暴露采样， 然后与采样后的培养皿一起放入培养箱内培养， 结果应无菌落生长。

至于以上指标的监测频率除沉降菌外使用者可以自己把握， 洁净室启用之初应每周监测， 如果数据稳定， 适当延长周期， 但建议至少每3个月监测1次。每次实验时超净台及洁净室内都应当放置沉降菌平板， 相当于一个实验环境的阴性对照， 而对于微生物实验， 尤其是细菌总数， 只有在监测数据符合对应等级的洁净室要求时数据才有效。